Ubicata ad ovest di Gubbio, fuori dalla cinta muraria, la millenaria chiesa di San Secondo, con l’annessa canonica, risale certamente ad epoca precedente la fine del secolo V : il fatto storico che prova questa asserzione è la deposizione in questa chiesa delle reliquie dei martiri, Secondino ed Agabio, vescovi, avvenuta tra gli anni 496 e 523 per volontà del vescovo di Gubbio.
La Canonica è molto cara agli eugubini perché l’amato patrono S.Ubaldo ( 1085-1160) vi ricevette i primi insegnamenti , in un ambiente formativo per la vocazione sacerdotale e la vita comunitaria.
L’attuale chiesa è il risultato di una lunga serie di trasformazioni, che si sono succedute dalla sua costruzione ad oggi. All’esterno essa presenta, in particolare nelle zona absidale, i caratteri dell’architettura ecclesiastica eugubina dei secoli XIII e XIV. Di rilievo il chiostro del XII sec. con interventi del XV sec. nelle arcate lungo il viale d’ingresso, ora tamponate ed il cimitero del XIV sec.
L’interno, dalle linee architettoniche molto sobrie, è caratterizzato dalle trasformazioni, a cura dell’abate Morosini di Venezia, risalenti all’anno1712, con i sei altari laterali e con le primitive linee gotiche, evidenziate solo nel presbiterio, dove si può ammirare la splendida abside e una mensa d’altare del XII sec.
All’interno del convento è conservata la Biblioteca Agostino Steuco che custodisce ben 16423 volumi tra cui 3 incunaboli e 37 cinquecentine.