La chiesa fu costruita a partire dal 1283 vicino ad un convento e ad una piccola cappella fondati da Francesco d'Assisi nel 1222 durante alcuni giorni di permanenza a Gaeta con le donazioni di Carlo II° d'Angiò.Nel 1850 venne restaurata in stile neogotico su progetto dell'architetto Giuseppe Guarinelli grazie all'interessamento del papa Pio IX° e di Ferdinando II° delle Due Sicilie.