Le prime attestazioni di palazzo Benaglio si registrano nel XV secolo ma come azienda agricola, fatta impiantare per volontà della nascente dinastia dei conti Benaglio di Bergamo, allo scopo di costituire un fulcro per i loro possedimenti nella zona. Trasformata in tempi successivi in pregevole residenza di campagna, venne abbellita con affreschi e decorazioni che ancora oggi si possono ammirare. Con la scomparsa dell'ultimo Benaglio senza eredi legittimi, il palazzo passò di mano a diverse famiglie della zona, che lo adibirono sul alla fine dell'800, a magazzino per i prodotti agricoli, ripristinando la sua antica funzione. Nei primi decenni del '900 il palazzo fu oggetto di importanti interventi e divenne sede della scuola per l'infanzia ed elementare, funzione mantenuta sino agli anni '70. Con lo spostamento delle scuole, il palazzo viene abbandonato. La volontà degli abitanti di Comun Nuovo di salvaguardare la struttura, contribuisce alla sua trasformazione a sede del Comune.