Il Museo è ospitato all’interno della Porta S. Sebastiano delle mura Aureliane ed offre ai visitatori un itinerario realizzato nel 1990, ma la storia dell’utilizzo del monumento per usi più o meno consoni alla sua importanza ha inizio molto tempo prima. Nel 1939 furono eseguiti alcuni lavori negli ambienti interni della Porta per adattarli ad abitazione e studio privato del segretario del partito fascista Ettore Muti, che vi rimase dal 1941 al ‘43. Furono ricostruiti nuovi solai poiché le volte in muratura erano crollate, creati nuovi ambienti con muri divisori, installate scale in legno e muratura, ed anche rifatte le pavimentazioni in travertino e mattoni, con l’inserzione di due mosaici al primo piano