Fondato nel 1831 dall’abate Tommaso Pendola, l’Istituto per Sordi di Siena ha operato come scuola a tutti gli effetti fino al 1980, offrendo una formazione che partiva dalla scuola dell’infanzia fino alla scuola media inferiore. I metodi educativi all’avanguardia, la fornita biblioteca e le pubblicazione riguardanti l’educazione dei sordi, hanno reso l’istituto un ente di rilevanza nazionale. Oggi la sede dell’ex istituto ospita il museo dedicato alla scuola, ricco di oggetti di artigianato realizzati dagli alunni e di apparecchiature specifiche usate in classe. La biblioteca si trova nell’ex refettorio dell’antico monastero di Santa Margherita, una grande aula a pianta rettangolare. Qui, sulla parete di fondo è raffigurata l’”Ultima Cena” di Bernardino Fungai (1460 –1516), ispirata all’affresco di Cosimo Rosselli nella Cappella Sistina. Sempre del Fungai sono “La preghiera nell’Orto”, “La Crocifissione”, “La cattura di Cristo”, dipinte nelle tre lunette soprastanti il Cenacolo.