Il convento, che domina con un panorama mozzafiato il centro storico di Siracusa, è ancora abitato dai Frati, che furono accolti dal Vescovo Girolamo Bologna a Siracusa nel 1549. Essi erano inizialmente ospitati nella Chiesa di “S. M. della Misericordia”, fuori le mura della città. Ma l’aria malsana della zona spinse i Frati ad abbandonarla nel 1582 per stabilirsi in cima alle Latomie, oggi dette dei Cappuccini. Qui edificarono l’attuale chiesa e convento terminati nel 1583.La chiesa fu dedicata a “S. Maria dei Pericoli”. Poiché il convento era lontano dal centro abitato, per la sicurezza dei frati il Real Governo fece costruire due ponti levatoi, e consegnò ai Frati attrezzi di artiglieria e munizioni. Qui nel 1635 venne eletto ministro provinciale il P.Innocenzo Marcinò, poi morto in odore di santità. Oltre ad importanti opere d'arte il convento possiede una prestigiosa biblioteca con migliaia di testi antichi e per l’occasione verrà proposta una mostra dei preziosi volumi.