La chiesa fu costruita nel XII secolo dai monaci della vicina chiesa di San Miniato al Monte. Andò distrutta nel '400 e fu ricostruita, questa volta dagli abitanti del quartiere, che ne assunsero la cura: le famiglie più ricche, in particolare, vi costruirono i propri altari ornandoli di numerose opere d'arte Durante l’assedio del 1529-30, per il sospetto di tradimento che s’infiltrava negli animi repubblicani, si volle che in questa chiesa il comandante supremo Malatesta Baglioni, con tutto il suo stato maggiore, giurasse sul Vangelo di difendere la città fino alla morte. Nel 1530 Michelangelo si nascose in una piccola stanza sotto il campanile, dopo la resa di Firenze alle truppe imperiali. Nel XVI secolo la chiesa fu restaurata e ulteriormente abbellita, con l'aggiunta di altari in stile vasariano e del rosone e del portale sulla facciata. Curiosità: sulla liscia facciata a sinistra una manina marmorea segna il livello dell’acqua dell’Arno nell’alluvione del 1557. Più in alto una targa segna il livello dell’ultima alluvione, superiore per altezza e per danni.