La Chiesa di San Leone a Pistoia ha origini nell'oratorio trecentesco voluto dalla Congregazione dello Spirito Santo. Nel corso dei secoli il piccolo oratorio subì diversi ampliamenti e modifiche. L’interno della chiesa presenta l’aspetto barocco che le fu dato a metà del Settecento dal prete-architetto Raffaello Ulivi e dai pittori Vincenzo Meucci e Giuseppe del Moro, autori, insieme al quadraturista bolognese Mauro Tesi, dei grandiosi affreschi illusionistici del presbiterio e della cupola. La chiesa, a navata unica, presenta due altari laterali decorati con dipinti seicenteschi voluti da nobili committenti privati. Nel 1773 la Congregazione dello Spirito Santo fu trasferita e l’oratorio passò prima dell'attuale proprietà, il Capitolo della Cattedrale, al seminario vescovile. In quest’occasione la chiesa assunse la dedica a San Leone Magno, patrono del seminario.