La Chiesa di San Francesco d’Assisi si trova al di fuori della cinta di mura del centro storico. E’ stata costruita nel Duecento e comprende un complesso monastico annesso alla stessa. Le fonti storiche attestano al 1291 l'anno di fondazione per volere del vescovo di Genova monsignor Leonardo Fieschi. L’edificio come appare oggi è frutto di un intenso restauro condotto durante il Seicento che ha portato anche all’inversione dell’orientamento della chiesa. E’ stata mantenuta la navate centrale, con l’aggiunta di numerose cappelle. L'edificio nel suo complesso venne ingrandito, il tetto e la volta rifatti ed internamente arricchita di pregevoli stucchi. Il campanile, inserito nel contrafforte angolare posto a nord-est della struttura, è trecentesco ed ospita due campane rispettivamente del 1362 e del 1753. Per sei secoli San Francesco fu il sacrario delle famiglie più illustri, non solo nolesi. Tra le più antiche, troviamo due epigrafi dedicate agli Spinola.