Figline deriva il suo nome dal latino "Figulinae" (con evoluzione in "Fighinum", "Fegghine" ecc.) che indica una fabbrica di "figuline", un luogo ove si lavorano argille per la fabbricazione di vasi e stoviglie in terra cotta secondo un'arte della ceramica prima etrusca e poi romana. Negli ultimi secoli sono state infatti rinvenute diverse ceramiche nelle parte antica della città sul poggio a sud-est. Le prime notizie sul castello di Fegghine risalgono al 1000 d.C. Tale castello si troverebbe su una collina, nella zona dell'attuale San Romolo. Gli abitanti scesero più volte nella valle sottostante e fondarono il grande forum di Figline, una sorta di mercato. Col passare degli anni, il piccolo centro aumentò di popolazione fino a diventare una piccola città. Tra i tanti avvenimenti di quei secoli si ricorda il tentativo di Fiesole nel 1167 di trasferire la sede vescovile a Figline, in un luogo lontano dalla nemica Firenze, che si trovava in un periodo di espansione. Nel Duecento ha inizio la cruenta divisione interna tra guelfi e ghibellini. La maggioranza degli abitanti di Fegghine era ghibellina e sosteneva Arezzo; perciò la Repubblica Fiorentina distrusse completamente il castello, obbligando gli abitanti a scendere a valle. Figline entrò quindi sotto il dominio di Firenze, di cui seguirà le sorti nei secoli successivi. Tra il 1353 e il 1375 venne costruito l'imponente anello di mura a difesa della città, ancora visibile, anche se una buona parte è stata abbattuta. In seguito alla dominazione dei Medici si sviluppò una forma di economia strettamente legata all'agricoltura. Nel 1810, nel periodo in cui l'attuale Toscana era sotto il dominio di Napoleone, l'impero francese fece venire a Figline da Parigi il celebre scienziato e naturalista Georges Cuvier. Qui aveva sede (nei locali dell'attuale convento della chiesa di San Francesco) l'Accademia Valdarnese del Poggio con biblioteca e museo, che vantava una vasta collezione di fossili e ossa raccolte nei dintorni. Tale avvenimento è ricordato su una lapide, sulla quale Cuvier annovera l'importanza dei reperti del museo. Il museo, però, si trova ora nella vicina Montevarchi, in quanto Figline era sospetta di simpatie francesi. Durante la seconda guerra mondiale, nel periodo dell'occupazione tedesca e della Repubblica Sociale Italiana, nella frazione di Brollo la famiglia contadina dei Soffici nascose e protesse dalla deportazione due ragazzi ebrei triestini, Tullio e Aldo Melauri, sfuggiti alla deportazione dei loro genitori. Per questo loro impegno di solidarietà, il 14 novembre 1988, l'Istituto Yad Vashem di Gerusalemme ha conferito l'alta onorificenza dei giusti tra le nazioni a Dante e Giulia Soffici e a Oreste e Marianna Soffici.