La prima menzione dell'Abbazia si ricava da un documento del 1127 attestante la vendita da parte dell'abate Bernardo di Follina ad un tale Arpone di tre campi. Il complesso monastico esisteva dunque ben prima dell'arrivo dei cistercensi, nella metà del XII secolo. Si trattava molto probabilmente di un convento di benedettini dipendenti da San Fermo di Verona, non è chiaro quando e come avvenne il passaggio all'ordine cistercense. Conseguentemente cominciò a indebolirsi il legame con l'abbazia veronese. La tradizionale data di fondazione, l'anno 1146, non è di fatto supportata da fonti storiche. Di certo Follina fu a lungo legata dalle abbazie di Chiaravalle e di Cîteaux, i più importanti centri cistercensi rispettivamente d'Italia e d'Europa. Con il tempo l'abbazia si arricchì di altre donazioni, raggiungendo l'apice dello splendore nel XIII secolo. Nel 1268 fu edificato il chiostro, mentre tra il 1305 e il 1335 fu realizzata la basilica.