Le vicende iniziali della chiesa sono avvolte nell'oscurità. Pare che, forse nel IX secolo, fosse stata costruita la prima chiesa di S. Tomè a pianta circolare, sulle basi di una edicola religiosa risalente al V-VI secolo. Nel 1150 circa il Vescovo decise la sua ricostruzione, e nel 1180 furono portati a termine il presbiterio e l'abside. Nel Cinquecento la chiesa fu affidata alla custodia di vari eremiti, quindi, nel 1536, fu venduta alla parrocchia di Almenno S. Salvatore; nel 1906 invece papa Pio X la affidò definitivamente alla parrocchia di Almenno S. Bartolomeo. Numerosi gli interventi sul monumento, gli ultimi del dicembre 2013. Il S. Tomè è un monumento romanico a pianta circolare, una rarità per i secoli XI e XII, e ci richiama poche altre chiese, quali il S. Lorenzo di Mantova e il Duomo di Brescia. La proiezione delle ombre create dalle colonne e la scelta delle aperture rispondono a un disegno tipico dell'architettura romanica, attenta ai cicli solari nelle diverse stagioni; qui durante gli equinozi un raggio di sole attraversa la rotonda e colpisce il tabernacolo, creando uno spettacolo affascinante; dalla lanterna circolare piove all'interno una luce quasi mistica.