La costruzione del palazzo è fatta risalire al XVII secolo. Nel 1767 l'edificio passò di proprietà alla famiglia Prati che lo acquistò dai marchesi Paulucci di Calboli. Oggi è sede dell'Ente Pio Fondazione Prati istituito nel 1944 per volontà testamentarie dell'ultima discendente Paola Savorelli Muti-Papazzurri Prati. Il palazzo ha subito notevoli danneggiamenti durante il secondo conflitto mondiale: il bombardamento tedesco del 10 dicembre 1944 colpì, fra gli altri, anche questo edificio causando danni irreparabili al patrimonio che si conservava al suo interno. Oggi l'Istituto custodisce quanto sopravvissuto della quadreria, degli antichi arredi nonché l'archivio familiare e la biblioteca.