L’attuale palazzo sorge sul luogo un tempo occupato dal castello fatto erigere nel 1291 da Obizzo d’Este, marchese di Ferrara, poi ricostruito mezzo secolo più tardi. Dopo la devoluzione di Ferrara al Papa, Modena nel 1598 divenne capitale del ducato estense e il duca Cesare d'Este si sistemò nel castello, che apparve inadatto alle esigenze di una corte europea. Pertanto suo nipote duca Francesco I d'Este fece realizzare un nuovo palazzo a partire dal 1634 su progetto dell’architetto Bartolomeo Avanzini, con i contributi di Gian Lorenzo Bernini, Francesco Borromini e Gaspare Vigarani. Il Palazzo, per grandezza e fasto, è tra le più prestigiose regge a livello europeo ed è sede della Corte Estense fino all'ultimo duca Francesco V d'Austria-Este (1859).
Il Palazzo Ducale ospita la prestigiosa Accademia Militare di Modena, istituto di formazione militare a carattere universitario che forma ufficiali dell'Esercito Italiano e dell'Arma dei Carabinieri.