L'edificio che vediamo oggi è quanto rimane dell'antica chiesa dedicata a San Michele e ai Santi Arcangeli, che ospitava anche altri affreschi di Jacopo da Verona. La Cappella di Santa Maria fu eretta a seguito di un incendio, avvenuto durante l'assedio del vicino Castelvecchio nel corso della riconquista di Padova ai Visconti da parte dell'ultimo Signore, Francesco II Novello da Carrara. Gli affreschi che decorano la cappella di Santa Maria della chiesa di San Michele, realizzati nel 1397 da Jacopo da Verona, sono incentrati sul ciclo mariano. I soggetti rappresentati sono Annunciazione, Natività e Adorazione dei magi, Ascensione, Pentecoste, Morte della Vergine e San Michele