Il Museo, che sorge accanto al Santuario di S. Maria del Monte, è uno scrigno d’arte dal sapore insieme antico e nuovo. Alla straordinaria collezione storico-artistica del Santuario si uniscono la raccolta di dipinti di Giuseppe Baroffio Dall’Aglio e una sezione d’arte del Novecento, nata con l’ultimo complessivo restauro del Museo. La semplice facciata, preceduta da un terrazzo che offre uno dei più bei panorami di Lombardia, nasconde una complessa articolazione su tre piani: le luminose sale novecentesche si alternano alle suggestive antiche stanze che corrono nascoste sotto al Santuario, con resti di affreschi quattrocenteschi. Immagine-simbolo del Museo è la Madonna con il Bambino di Domenico e Lanfranco da Ligurno, ai quali spetta una posizione di rilievo nell’ambito della scultura medievale lombarda. Era sul portale che fu realizzato entro il 1196 nell'ambito del nuovo Santuario, costruito sopra allo spazio poi chiamato cripta; è la prima rappresentazione della Vergine sopravvissuta in questo luogo di secolare devozione mariana. Uno dei più antichi antifonari di canto ambrosiano, con vivaci miniature della fine del XIII secolo, si accompagna all’antifonario miniato nel 1476 da Cristoforo de Predis, capolavoro di arte lombarda, con lo sfolgorante frontespizio e oltre quaranta capilettera miniati, gemme dai sorprendenti dettagli. Tracce insigni d’età sforzesca sono i dossali del coro, intagliati da Giacomo Del Maino, già attivo nella Basilica di S. Ambrogio; il prezioso paliotto donato al Santuario verso la fine del Quattrocento dal duca di Milano Ludovico il Moro, tessuto tra i più complessi e raffinati mai realizzati; il Paliotto leonardesco con l’originale ricamo imbottito raffigurante la Vergine delle Rocce, ispirato al celebre dipinto di Leonardo oggi al Louvre, qui ripreso in anni vicinissimi al modello. Un disegno con la Fuga in Egitto di Carlo Francesco Nuvolone è importante testimonianza dell'affresco che egli realizzò presso la Terza Cappella, dove ora campeggia il murale di Renato Guttuso. Grazie alla donazione di Giuseppe Baroffio Dall’Aglio (Brescia 1859 – Azzate 1929), alla cui generosità si deve la costruzione della sede attuale (1932 – 1936), e a successive minori donazioni, il patrimonio del Museo si è arricchito di una vasta quadreria, con dipinti dal XV al XVIII secolo. Il nucleo più significativo, sia per quantità che per qualità, è costituito da opere fiamminghe e olandesi, anche se non mancano autorevoli pittori lombardi ed emiliani, quali Camillo Procaccini, Girolamo Chignoli, Bartolomeo Schedoni, Giacomo Ceruti detto il Pitocchetto, Pietro Antonio Magatti, Giuseppe Antonio Petrini, Federico Faruffini.