Le Matine&Murgia di Santeramo è una vallata che si estende verso sud-est per una decina di chilometri, partendo dal limite del Parco dell'Alta Murgia, e delimitata geograficamente tra la via Appia e la Murgia che la sovrasta.
Da un punto di vista morfologico, paesaggistico e ambientale è possibile distinguere 4 differenti zone, ciascuna con caratteri propri: il Bosco Santeramo che si distingue per diverse aree boschive di rilievo; il Bosco della Parata, di proprietà privata e che costituisce un insieme unico a livello nazionale, per la contemporanea presenza di sei specie di quercia ( il fragno, la roverella, il cerro, il farnetto, il leccio e la coccifera); il Bosco della Gravinella, di proprietà privata, è un sito di notevole valenza naturalistica e una formazione botanica ed ecologica unica nel contesto degli ecosistemi della provincia di Bari e di quelli pugliesi in più è inserito nell'elenco degli habitat di interesse comunitario; il Bosco di Mesola, di proprietà privata, si estende anche nei comuni di Cassano delle Murge e Acquaviva delle Fonti, presenta varie specie di quercie e conifere, è Sito di Importanza Comunitaria.
Il Sito comprende anche delle pinete: La Pineta Galietti, di proprietà comunale, è posizionata a km. 2 circa dall'abitato in direzione Acquaviva delle Fonti; la Pineta Denora, di proprietà privata, è posizionata a circa 3 km. dall'abitato in direzione Altamura; la Pineta Lama del Lupo, di proprietà privata, è posizionata a circa 4 km. dall'abitato in direzione Matera.
Le Murge comprendono una vasta area da nord a sud, profondamente caratterizzante il territorio comunale. Questo ambiente si caratterizza per la scarsa copertura arborea (rari sono infatti gli alberi e persino gli arbusti) e per la conseguente limitata capacità di trattenere il terreno agrario, spesso completamente assente, in aree caratterizzate dall'affioramento della roccia calcarea sottostante; il substrato, privo della naturale copertura vegetale, subisce in maniera maggiore l'influenza limitante dei fattori ambientali e climatici (aridità, azione dei venti, forte soleggiamento). Le steppe della Murgia sono caratterizzate dalla presenza di un'unica specie arborea, il perastro, isolato o a piccoli gruppi. L'ambiente steppico, pur all'apparenza arido ed inospitale, risulta uno dei più ricchi per la presenza di specie faunistiche; la ricchissima presenza, soprattutto in primavera, di insetti che si nutrono delle piante presenti, attira in queste aree un numero considerevole di specie di uccelli: sono infatti almeno una decina, le specie strettamente legate a questo ambiente, molte delle quali ritenute meritevoli di protezione dall'Unione Europea. Molti rapaci frequentano la steppa alla ricerca di cibo (poiana, lanario, biancone, gheppio), ma tra di essi assume assoluta preminenza la presenza del falco grillaio, raro a livello europeo ma presente, con colonie molto numerose, nella Murgia Barese.
Le Matine sono caratterizzate dalla presenza di una vasta pianura, un tempo paludosa e oggi molto fertile. Ai piedi della scarpata murgiana, il Vallone della Silica fa da divisorio naturale fra le Murge e le Matine. 
Le Quite sono caratterizzate dalla presenza di una quotizzazione del demanio pubblico; i trulli, le casedde, i muretti a secco, il disegno regolarissimo dei lotti e della viabilità (strade tutte perpendicolari ad un asse centrale principale, lotti tutti di forma rettangolare e dimensioni abbastanza simili), segna il paesaggio