La sua fondazione risale all'anno 264, quando il vescovo San Everio, quarto vescovo della diocesi, eresse una modesta edicola votiva nel luogo in cui la vergine Agata subì il martirio del taglio delle mammelle. Dopo l'editto di Costantino (313) l'edicola fu sostituita da un vero e proprio edificio di culto costruito, ad opera del vescovo San Severino, tra il reliquie della martire dal loro originario luogo di sepoltura. Ampliata in forma basilicale nel 776 o 778, la chiesa fu la cattedrale della città per otto secoli, fino al 1091 (quando il conte Ruggero dispose l'edificazione della nuova Cattedrale, consacrata nel 1094): per questo motivo fu indicata con l'appellativo la Vetere, cioè l'antica. Quasi totalmente distrutta dal terremoto del 1693, ad eccezione della cripta sotterranea, fu ricostruita nel 1722 più a ponente e con maggiori dimensioni, secondo un linguaggio architettonico semplice e sobrio, la chiesa presenta unica navata ed ingloba strutture del precedente edificio.