La chiesa venne ricostruita e dedicata a S. Francesco nel corso del XIII secolo. Tra la fine del 1500 ed i primi del 1600 il complesso subì una radicale ristrutturazione. Il convento fu ampliato e le mura irrobustite con dei contrafforti; fu costruito il chiostro al centro del quale fu ricavata la cisterna col pozzo; furono affrescati la volta dell’androne e le lunette nel 1608. Nel corso del XVIII sec. l’interno della chiesa fu barocchizzato, secondo uno stile rococò. Furono realizzati altari in stucco, le pareti della navata, i pilastri ed i costoloni furono rivestiti da stucchi policromi, dappertutto sui muri, sui capitelli e sull’altare maggiore una profusione di angeli in volo, motivi vegetali e dorature. La soppressione degli istituti religiosi (Bonaparte 1809) portò alla chiusura della chiesa e del convento. Il restauro (1960) ha provveduto ad eliminare il rivestimento barocco. Il ritorno dei padri alla guida del complesso fu un fatto indiscutibilmente positivo.