I primi documenti in cui viene citata la chiesa di santa Maria Assunta risalgono al 1112. Successivi atti del 1146 e del 1192, attestano la centralità che la chiesa ricopriva. La struttura iniziale non è molto variata nei secoli: per quel tempo si trattava di dimensioni importanti, che nulla avevano da invidiare a quelle delle chiese parrocchiali dei paesi sottostanti. A fianco della chiesa venne edificato anche un edificio utilizzato come dimora per il guardiano e il prete. Al titolo di prepositurale, ovvero sede di parrocchia, le venne affiancato anche quello di collegiata, in quanto vi venne insediata una congregazione religiosa di Canonici, che fu poi soppressa nel XV secolo. Nonostante la propria “indipendenza” religiosa, la chiesa ricadeva nelle competenze territoriali della parrocchia di Cenate, dedicata a san Martino, il cui parroco aveva il compito di supervisionarne l'andamento e gestirne i proventi derivanti dalle elemosine. Tuttavia nel 1575 il territorio parrocchiale di Cenate venne diviso in due entità, con la formazione della nuova parrocchia di san Leone (poi Cenate Sopra), con la chiesa di santa Maria Assunta in Misma che ricadde proprio nel territorio di quest'ultima. Sorsero quindi numerosi problemi riguardo alla gestione, dal momento che nessuna delle due parrocchie voleva rinunciare alle notevoli entrate che la chiesetta garantiva. Si arrivò persino a scomodare l'autorità papale per redimere la questione, ma senza risultati concreti. Soltanto nel 1975 il vescovo di Bergamo Clemente Gaddi mise la parola fine alla questione, assegnandola definitivamente alla parrocchia di san Leone. ESTERNO La struttura risale al 1511, anno in cui la chiesa venne ricostruita incorporando elementi architettonici della chiesa primitiva del XII secolo. Il nucleo è costituito da un locale unico con pianta rettangolare ed è dotato di un porticato esterno posto sulla facciata laterale verso valle. Adiacenti al santuario vi sono due strutture, gestite dalla parrocchia di San Leone Papa, e adibite a ostelli. Le due strutture contano rispettivamente di 22 posti letto, divisi in tre stanze e 20 posti letto in un'unica camera, affittabili per una notte. INTERNO L'interno della chiesa è caratterizzato da tre arcate con piccole absidi semicircolari che lo suddividono in quattro campate, l'ultima delle quali racchiude l'altare situato in posizione centrale. L'edificio nel corso dei secoli ha subito diversi rimaneggiamenti, che ne hanno alterato notevolmente la struttura originaria, l'ultimo dei quali risalente al 1943, eseguito dall'ingegnere Luigi Angelini. Un piccolo campanile a pianta quadrata, ristrutturato in modo significativo nel 1578, è appoggiato alla cappella centrale e custodisce un'antica campana in Lab3 Cal. fusa da Pruneri nel 1850 con ceppo e incastellatura in legno. Tra il 2010 e il 2011 al Santuario sono stati eseguiti lavori di manutenzione straordinaria che prevedevano il rifacimento del tetto e degli stucchi interni della chiesa. ACCESSI La chiesa non è servita da strade carrozzabili, ed è possibile accedervi soltanto tramite sentieri.