La piccola chiesa di Santa Croce è originaria della metà del XIII secolo ed è stata modificata nel corso del Seicento. L’impianto è quello di stile romanico, con navata unica e fronte a capanna, qui sormontata da un piccolo campanile a vela di fattura posteriore. Il portale voltato richiama nelle forme quello del muro verso il giardino e presenta una cornice superiore a sesto acuto; la nicchia collocata superiormente è frutto di una recente ricostruzione. Il semplice interno è ritmato da due archi a sesto acuto in laterizio impostati su pilastri in pietra connessi alle murature. Il confronto tra questo edificio e altri esempi simili del territorio, inclusa la chiesa di Santo Stefano ad Assisi, ha messo in luce come la chiesa di Santa Croce appaia singolarmente ridotta nella lunghezza e priva di catino absidale. È ipotizzabile quindi che le proporzioni originarie fossero più allungate e la copertura absidale fosse voltata È datato invece 1643 l’affresco che arricchisce la parete di fondo: attribuito al pittore assisano Gerolamo Marinelli, vi sono raffigurate Sant’Elena e la Vergine in adorazione della nuda Croce. Come ricorda lo storico dell’arte Bruno Toscano, il tema che pone come protagonista il lignum crucis, ossia la croce in sé priva della figura di Cristo, era piuttosto frequente e includeva solitamente Sant’Elena e il figlio Costantino, l’imperatore.