Il più antico documento rinvenuto in cui si parli in maniera diretta della chiesa di San Giuseppe risale al 1602, anno in cui il cardinal Federico Borromeo la visitò. Si ritiene tuttavia che essa abbia origini ben più antiche e che esistesse già nel XIII secolo con la dedica a S. Eusebio. Prese il nome di San Giuseppe in seguito all’insediamento della Confraternita del Corpo del Signore e di San Giuseppe, avvenuta nel 1582, per volere di San Carlo Borromeo. All’interno della chiesa particolare attenzione meritano le opere lignee: l’ancona dell’altare, il tabernacolo, la cantoria ed il coro, interessanti opere di intagliatori lombardi della metà del XVII secolo. Arona, a quell'epoca lombarda, probabilmente era sede di una scuola di intagliatori attiva in zona. L’assetto attuale dell’ancona d’altare e il tabernacolo risalgono probabilmente ad una sistemazione settecentesca. Sia la cantoria che i seggi corali furono restaurati nel 1976. Una lapide spagnola fu trovata nel 1975.