La chiesa di San Giovanni Battista rappresenta uno degli esempi più belli e meglio conservati dello stile romanico pugliese presente a Matera. La struttura originaria risale ad anni immediatamente antecedenti il Duecento e fu completata nel 1233, in questo periodo la chiesa era conosciuta come Santa Maria la Nova e costituiva luogo di accoglienza per le penitenti agostiniane di Accon. Quando le monache si trasferirono, intorno alla fine del Quattrocento, la chiesa fu abbandonata e rimase inutilizzata fino al 1695 anno in cui Monsignor del Ryos ne sancì la riapertura al culto, conferendole il nome con cui oggi la conosciamo. Vi si accede attraverso quella che in origine era la facciata laterale, quella principale è stata incorporata nel 1610 nella costruzione dell'edificio adiacente che doveva svolgere la funzione di nosocomio. Spiccano il portale finemente decorato, un rosone adornato da raffinati ornamenti e una statua di San Giovanni Battista realizzata in pietra policroma. A destra del portale la facciata corrispondente all'abside presenta una struttura molto vicina a quella originaria. L'elemento che caratterizza maggiormente questa chiesa è l'architettura interna tipicamente medievale, è possibile ammirarla grazie all'iniziativa dell'abate Marcello Morelli che tra il 1920 e il 1930 decise di eliminare la copertura settecentesca. La chiesa è a croce latina ed è composta da 3 navate suddivise da pilastri quadrilobati; su di essi poggiano semi colonne e capitelli che presentano decorazioni molto elaborate ed estremamente varie. Dai pilastri si sviluppano grandi arcate che formano volte a crociera.