L'origine del convento, convenzionalmente fissata al 1295 deve , evidentemente, intendersi quale data simbolica, riferita al " testamento" del più illustre cittadino di Pozzuolo Martesana: il Cardinal Peregrosso. La costruzione del convento sembra comunque essere databile antecedentemente, probabilmente il primitivo insediamento (romitorio) si limitava ad un piccolo oratorio che i francescani, secondo la loro abitudine, adattarono a luogo di preghiera e ricovero per viandanti e pellegrini. L'ubicazione del convento, posta sul margine dell'edificato, a ridosso della strada che da Milano conduce verso oriente, sembra avvalorare l'ipotesi che lega l'origine dell'insediamento ad una funzione di luogo di sosta sia per i viaggiatori ed i fedeli in transito, sia per i francescani stessi ancora immersi, alla fine del XIII secolo, in una fase itinerante che li vedeva svolgere il loro apostolato vagabondando nelle diverse diocesi. L'elemento che mutò questo primo nucleo francescano in un complesso edilizio di cospicua ampiezza, specie se rapportato alle esigue dimensioni del centro abitato, fu l'iniziativa del Cardinal Peregrosso, forse nativo di Milano ma di origine certo Pozzuolese. La rapida carriera ecclesiastica che lo portò a Roma con il titolo di Cardinale di San Marco non gli fece dimenticare le sue radici. Nel XIV secolo viene attuata la "volontà" del Cardinale, con la costruzione della chiesa e del campanile, accanto a i quali sorge il convento con le abitazioni, i locali di servizio, la scuola teologica, l'alloggio per i pellegrini e il locale per gli ammalati, distribuiti attorno ad una corte quadrata. La soppressione del convento dei frati Minori conventuali di Pozzuolo trova la sua origine non solo negli anni del dominio austriaco di Maria Teresa, ma già nel secolo XVI con papa Clemente VIII. Nel corso dei lavori del Concilio di Trento, nella seconda metà del '500, fu messa in risalto la questione della proliferazione dei piccoli e piccolissimi conventi e la necessità di mettere ordine in quelle comunità dove il numero stesso dei religiosi rendeva praticamente difficile l'osservanza della regola, comportando una rilassatezza che poteva avere i suoi riflessi negativi su tutta la chiesa. Infatti, le riforme sollecitate dal Concilio ebbero seguito nei decreti di Clemente VIII il quale, alla fine del '500 ordinò i vari momenti della vita dei frati, dalla vocazione agli studi, ai voti, alla vita in comunità nel rispetto delle gerarchie , alla istruzione dei novizi. Con l' "instaurandae regularis disciplinae" del 1652 si arrivò al decreto di soppressione dei piccoli conventi , da attuarsi nel termine di sei mesi, garantiti i vescovi dei luoghi interessati. I beni delle comunità soppresse furono destinati soprattutto ai seminari diocesani e alle parrocchie locali e la durezza di questi provvedimenti alimentò lunghe e rancorose polemiche, specialmente al vertice degli ordini più colpiti, che durarono decenni. Il convento sopravvisse fino al 1769, il 20 marzo di quell'anno un dispaccio reale cui fa seguito il Piano che propone la curia arcivescovile di Milano per la soppressione dei tre piccoli conventi (Melzo Pozzuolo e Inzago) chiude un'avventura durata 474 anni.